魔禁时间轴（3/5）
下午——
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋废墟大楼内抢劫散发银行卡的高中少女，反被高中少女用“寿命中断”（实际上只是语言催眠+麻醉针）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话，引起美琴的疑惑。
想要弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信，同时为了彻底解开布束砥信谈论关于自己克隆人的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药·第七药学研究院。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的“量产能力者实验计划”已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
8月11日
心情特别愉快的美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴第一次与自己的克隆人妹妹（9982号）偶遇，感到非常震惊，从后续的谈话中美琴得知某个“实验”的存在以及一个“暗号”，由于无法套出更多有用的情报只好拉着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
游玩过后的两人道别，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面，晚上21：00，第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春帮忙解开“暗号”，得知了“绝对能力进化实验”的存在，之后追踪“妹妹”而来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
但美琴的攻击却对白发少年全都无效，连必杀技“超电磁炮”的攻击都被反射，在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开，离开时向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月16日（杂志连载版标注为15~18日，后漫画单行本修正日期，以单行本为准）
早上——
悲伤的美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后几天她大肆破坏与“绝对能力进化计划”有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部“道具（）”来进行防御。
8月19日（漫画单行本日期修正，以单行本为准）
白天——
“道具（）”四人（麦野沈利、弗兰达、绢旗最爱、泷壶理后）接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
弗兰达在水穗机构病理解析研究所埋伏潜入的“破坏者”美琴，中途为了一半的佣金擅自提前行动，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了与“实验”有关的制药公司脑神经应用分析所，发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍“实验”的工作，被埋伏的娟旗最爱捕获，布束砥信之后的下落不明。
在麦野三人的连击下美琴渐渐的被逼入绝境，而在此时察觉了美琴真实身份的麦野却在虚荣心的驱使下支走了弗兰达以及泷壶两人，独自留下来想击败在超能力者（5）排名上比自己高一位的美琴。
获得喘息之机的美琴依靠弗兰达遗留下来的炸弹陷阱等道具将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了“绝对能力进化实验计划”的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日左右）
晚上——
在深夜使用“钢铁破坏者”狙击一方通行的“妹妹”（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入制药公司脑神经应用分析所内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10031号）两人。
拉走“妹妹”离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对“妹妹”乱发了一通脾气，两人分别。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位“妹妹”（番号不明），“妹妹”帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
到达宿舍的上条与“妹妹”见到了土御门元春的义妹：土御门舞夏，回到家门口见到正在为三色猫斯
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