最终章（4/8）
解到少女名为神名（外貌参考《战姬绝唱》中的小日向未来），小女孩叫做卡萝尔。
米可特卡此时出声，卡萝尔所使用的力量并不全是这个世界的，她借由两个世界之间所存在的共同「规律」（如两个世界都存在地球、重力……）还原了她本身的力量。
两人最后没有交手，等她们离开后御坂美奈才现身。
八月二十号活尸所做的大脑腐烂，一方通行此时正经过马路，被卷入交通事故中，经过紧急抢救于八月二十一号中午脱离生命危险，八月二十二号苏醒过来，除了大脑的情况比之前要严重一些外，左腿与右手臂骨折，内脏部分受损。
八月二十一号御坂美奈根据所得的报告推断出该场交通事故是人为造成的，之后入侵该路段的监控发现这次事故可能与神名有关。
考虑到神名是其他世界的存在，御坂美奈决定由自己替一方通行找她算账（中间省去）。
因为原来世界的两个人的缘故，神名来到这个世界后决定亲身感受人类世界，后来收留了一名受重伤的少女，其身份为「暗部」实验体，少女为了不连累神名主动跟找到自己的人离开，由于察觉到少女离开时不情愿的表情，神名当晚按照地址找人，结果发现被骗，将少女就出来后便开始对其展开报复，其中还涉及了学园都市的高层人员。（神名能力设定：绝对能力者水平以上，空间系能力）
御坂美奈与神名进行战斗，就目的来说御坂美奈打伤了神名，也算是为一方通行报仇了，但就战斗结果来说御坂美奈受到的伤更重，最后还是由卡萝尔的另一个人格艾芙奈恩送回医院。（卡萝尔设定：精神系超能力者，演算能力不在御坂美琴之下，但只用于给自己制造虚假的记忆，通过解析「世界的规律」后可以使用原来世界的力量——炼金术，这个力量需要燃烧记忆作为代价发动。）
发现御坂美奈再添新伤，御坂美琴决定要尽可能的过去医院看望一下御坂美奈才行。
九月初，原本可以平等看待众生的创世神受人类和华冉尊的影响，下意识的控制恒根帝都保住了一个女孩的性命，同时将救人的方法教授给恒根帝都。
九月二十号，御坂美奈预计还有六天可以出院。
住院期间御坂美奈发现失去了一个妹妹的踪迹后离开医院，临走时让最后之作切断与「御坂网络」的联系，御坂美奈离开后食蜂操祈派来的人才赶到。
刚开始调查没多久的御坂美奈注意到原本拥挤的道路让出了一条通行道，但很快便消失了，顺着那条路的方向赶过来的御坂美奈刚好碰上御坂美琴失控。
计算能力已经达到超能力者级别但还没有实际测试的御坂美奈在打破了御坂美琴的防御后利用「黑暗」强制解除诱导……
九月二十六号御坂美奈久违的开始了校园生活。
九月三十号晚一方通行出事，正在陪着御坂美琴游玩的御坂美奈让其先回宿舍，自己一个人跑去解决问题，但遭到御坂美琴拒绝，并要求两人一起行动，在查找中两人遇到了名为上条当麻的人，从他那里了解到大致情况后，御坂美琴独自挡下追兵，御坂美奈与上条当麻解决此次事件。
由御坂美奈阻挡前方之风，并在之后与后方之水短暂交手，而上条当麻则去拯救他的朋友。
（中间内容还没想好。）
十月二十号，学园都市各地无能力者突然拥有能力，暴乱开始，同时空间能力者开始失踪。
为了调查友人白井黑子的下落，御坂美琴与御坂美奈拜托付屋思忆一起帮忙，追查中遇到时崎狂三，并在最后发现一切的元凶是崇宫澪，但她已经失踪了。
世界各地有不少魔法师大脑被崇宫澪动了手脚，在她正式行动的时候，被植入的强制使用魔法兼具回收魔法的装置启动，源源不断的力量从学园都市外流入。
御坂美奈与崇宫澪再次见面是在十月三十号，她是以敌人的姿态出现在御坂美奈面前。
学园都市内大部分能力者尤其是空间能力者几乎被抓住放置于一个容器内，还有一部分能力者被用掌控，但被燕结芽、皐月夜见、花开院柚罗等人挡住，御坂美奈单挑崇宫澪，
战斗中崇宫澪透露了她打算将这个世界上的各类力量强制融合在一起以达到突破「世界壁垒」的目的，她想要回到原来的世界。
崇宫澪此前与神名交战受伤，加上本身是比较依赖能力的人，面持有「黑暗」的御坂美奈基本上没什么还手之力，但她只要拖住御坂美奈直到可以破坏「世界壁垒」的机器发射就可以了。
「世界壁垒」被打破，崇宫澪率先进去，御坂美奈为了阻止因此造成的大面积破坏，使用「黑暗」将壁垒上面的力量破坏掉，加快「世界壁垒」的恢复速度，同时用「黑暗」将这片区域封锁住，因此事造成的冲击波也内一并抵消掉，但本人也被卷入其中。
而御坂美奈虽然阻止了表面的破坏，但地下的部分她还来不及阻止，因为此事整个学园都市的地下设施近乎瘫痪，地表下陷也导致了许多房屋、研究所倒
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